Już w latach 50. 20. wieku istniał tu kult Matki Boskiej Fatimskiej. Dowodem na to jest figura, którą biskup Fatimy podarował kardynałowi Stanisławowi Wyszyńskiemu. Obecnie znajduje się ona w kaplicy przy Sanktuarium. Świątynia natomiast powstała w latach 80. 20. wieku jako wotum wdzięczności za ocalenie Jana Pawła II po zamachu na jego życie.
Za Sanktuarium, w ogrodzie różańcowym, znajduje się ołtarz papieski, przy którym w 1997 roku Jan Paweł II odprawił mszę góralską zakończoną słynnym hołdem górali. Po mszy, która miała miejsce pod Wielką Krokwią, ołtarz przeniesiono na Krzeptówki.
Świątynia została konsekrowana przez Jana Pawła II w tymże roku.
Sanktuarium Matki Boskiej Fatimskiej, ul. Krzeptówki 14